Der Agrarausschuss des Bundesrates hat mit deutlicher Mehrheit das Düngergesetz und die Stoffstrombilanz abgelehnt. Am 5. Juli stimmten elf Bundesländer gegen das Düngergesetz, während nur fünf dafür waren. Insbesondere Bayern und andere Bundesländer lehnen die geplante Stoffstrombilanz ab. Diese Maßnahme soll den Bürokratieabbau fördern, doch die Länder erachten sie als überflüssig, da sie nicht vom EU-Recht vorgeschrieben ist. Der Bund besteht jedoch darauf, um mögliche Strafzahlungen der EU-Kommission wegen Nichtumsetzung der EU-Nitratrichtlinie zu vermeiden. Gleichzeitig sieht das Düngergesetz Ausnahmen für Landwirte in Roten Gebieten vor.
Schleswig-Holsteins Landwirtschaftsminister Werner Schwarz (CDU) betont, dass Landwirte bereits zahlreiche Vorschriften und Auflagen beachten müssen. Er fordert den Abbau unnötiger Bürokratie und konkrete Entlastungen für die Landwirte, die ein praxisgerechtes Düngerecht benötigen. Schwarz unterstreicht die Bedeutung der elektronischen Erfassung von Düngeraufzeichnungen für ein wirksames Monitoring. Er lehnt übermäßige Dokumentationspflichten und die Doppelerfassung von Daten, wie es die Stoffstrombilanzverordnung vorsieht, ab. Eine bloße Umbenennung in Nährstoffbilanzverordnung ohne wesentliche Anpassungen, wie vom Bund vorgeschlagen, wird von den elf Bundesländern abgelehnt. Dies könnte Verzögerungen beim Monitoring verursachen und die zeitlichen Zusagen des Bundes gegenüber der EU gefährden.
Der Bund hatte der EU zugesagt, ein neues Monitoring-System einzurichten, um die Wirksamkeit der Düngergesetze zu überprüfen. Die Stoffstrombilanzverordnung ist jedoch keine EU-Vorschrift, sondern eine nationale Regelung, die nach Ansicht der Bundesländer und des Bauernverbandes einen hohen bürokratischen Aufwand für Landwirtschaft und Verwaltung mit sich bringt.